I due piani superiori del palazzo ospitano il museo diocesano: il percorso illustra la duplice funzione del palazzo quale edificio di rappresentanza e quale dimora privata.
Al piano nobile si può ammirare parte dell’antico appartamento del vescovo che conserva i mobili originali, preziosi dipinti di scuola genovese e l’argenteria liturgica.
Nella parete nord dello studio è conservato un piccolo altare a muro di stile rococò adibito a devozione privata. Ai lati dell’altare sotto lo strato di intonaco più recente sono venuti alla luce due lacerti di affresco, uno dei quali più leggibile, raffigura probabilmente la parabola della Samaritana al pozzo.
La camera (sala V) si presenta nell’aspetto conferitogli dall’ ultimo restauro dovuto al cardinale Spina tra il 1815 e il 1820.
All’ultimo piano del palazzo sono esposti a rotazione gli antichi messali e le vesti liturgiche appartenenti alla chiesa cattedrale, alcuni dipinti di prevalente interesse storico restaurati a cura della Soprintendenza per i Beni Artistici e Storici della Liguria e parte degli arredi conservati, in passato, al piano nobile dell’edificio.